МИНИСТЕРСТВО СЕЛЬСКОГО ХОЗЯЙСТВА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПРИКАЗ
от 4 апреля 2019 г. N 169
ОБ УТВЕРЖДЕНИИ МЕТОДИКИ
ПРОИЗВОДСТВА МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО ИССЛЕДОВАНИЯ
ГЕННО-ИНЖЕНЕРНО-МОДИФИЦИРОВАННЫХ ОРГАНИЗМОВ, ИСПОЛЬЗУЕМЫХ
ДЛЯ ПРОИЗВОДСТВА ЛЕКАРСТВЕННЫХ СРЕДСТВ
ДЛЯ ВЕТЕРИНАРНОГО ПРИМЕНЕНИЯ
В соответствии с пунктом 13 Правил государственной регистрации генно-инженерно-модифицированных организмов, предназначенных для выпуска в окружающую среду, а также продукции, полученной с применением таких организмов или содержащей такие организмы, включая указанную продукцию, ввозимую на территорию Российской Федерации, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 23 сентября 2013 г. N 839 (Собрание законодательства Российской Федерации, 2013, N 39, ст. 4991; 2014, N 25, ст. 3317; 2017, N 28, ст. 4145; 2018, N 6, ст. 896; N 41, ст. 6260), приказываю:
Утвердить прилагаемую Методику производства молекулярно-генетического исследования генно-инженерно-модифицированных организмов, используемых для производства лекарственных средств для ветеринарного применения.
Министр
Д.Н.ПАТРУШЕВ
Утверждена
приказом Минсельхоза России
от 04.04.2019 N 169
МЕТОДИКА
ПРОИЗВОДСТВА МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО ИССЛЕДОВАНИЯ
ГЕННО-ИНЖЕНЕРНО-МОДИФИЦИРОВАННЫХ ОРГАНИЗМОВ, ИСПОЛЬЗУЕМЫХ
ДЛЯ ПРОИЗВОДСТВА ЛЕКАРСТВЕННЫХ СРЕДСТВ
ДЛЯ ВЕТЕРИНАРНОГО ПРИМЕНЕНИЯ
1. Настоящая Методика устанавливает порядок проведения молекулярно-генетического исследования генно-инженерно-модифицированных организмов, используемых для производства лекарственных средств для ветеринарного применения (далее - исследование, ГМО соответственно).
2. Исследование проводится организацией (испытательной лабораторией), аккредитованной в национальной системе аккредитации, с областью аккредитации, соответствующей исследованиям, указанным в настоящей Методике.
3. В рамках исследования осуществляется анализ представленных юридическим лицом, осуществляющим на территории Российской Федерации генно-инженерную деятельность в целях создания ГМО (далее - заявитель), документов и данных:
а) наименования ГМО с указанием его таксономического статуса;
б) полного наименования, места нахождения, идентификационного номера налогоплательщика (ИНН) заявителя;
в) полного наименования и места нахождения юридического лица либо фамилии, имени, отчества (при наличии), места жительства индивидуального предпринимателя - изготовителя образцов ГМО;
г) вида предполагаемого целевого использования ГМО;
д) сведений об исходном организме-реципиенте (таксономическая характеристика с указанием метода идентификации; источник выделения штамма: субстрат, географический пункт, дата выделения; методы идентификации штамма, кем идентифицирован (фамилия, имя, отчество (при наличии)), ссылка на использованные определители);
е) сведений о трансформационном событии в виде кода, сформированного согласно Общероссийскому классификатору трансформационных событий;
ж) информации о месте депонирования и коллекционном номере штамма ГМО, паспорта штамма ГМО (для депонированных штаммов ГМО) либо информации о культурально-морфологических, физиолого-биохимических (ферментативных), антигенных, биологических свойствах и генетических особенностях штамма ГМО; условиях культивирования: наименованиях питательных сред, pH среды, температуре и продолжительности выращивания, сроке хранения и периодичности пересева культуры штамма ГМО в нативной форме; о применяемом способе и условиях хранения штамма ГМО: в случае лиофилизации указывается продолжительность выращивания на питательной среде (возраст культуры), состав защитной среды, титр клеточной суспензии, режим высушивания, температура хранения, срок хранения; в случае криоконсервации указывается продолжительность выращивания на питательной среде (возраст культуры), состав защитной среды, титр клеточной суспензии, скорость замораживания (град/мин), температура хранения, срок хранения; о диссоциации культуры в зависимости от метода хранения (описание морфологических типов колоний на конкретной среде с подробным описанием типа колонии, сохраняющего полезный или диагностический признак); о среде, на которой заявителем предоставляется штамм ГМО; о количестве, дате приготовления и сроке годности образцов штамма ГМО (в случае непредставления информации о месте депонирования и коллекционном номере штамма ГМО, паспорта штамма ГМО);
з) описания структуры, внесенной или удаленной генетической конструкции и места ее локализации, характеристик встроенных или измененных генов;
и) информации о генетической модификации: описание метода модификации, структуры вектора, структуры вставки, расположения рекомбинантной ДНК (хромосома, плазмида, мобильные элементы), включая фланкирующие последовательности, включения в состав мобильных генетических элементов;
к) информации об организмах-донорах вносимых генов (с указанием группы патогенности при наличии);
л) описания методики, позволяющей идентифицировать ГМО, в том числе описания нуклеотидных последовательностей, используемых праймеров, зондов и условий полимеразной цепной реакции (далее - ПЦР);
м) регистрационного номера свидетельства о государственной регистрации ГМО, предназначенного (предназначенных) для выпуска в окружающую среду, на основе которого (которых) создан ГМО, в отношении которого проводится исследование (в случае, если ГМО создан на основе иного (иных) ГМО);
н) регистрационного номера свидетельства о государственной регистрации ГМО для иного целевого использования (при наличии);
о) информации о регистрации ГМО за рубежом (при наличии);
п) данных полногеномного секвенирования ГМО (при наличии).
Заявителем ГМО для исследования предоставляются образцы ГМО и исходного организма-реципиента.
4. В рамках исследования осуществляются следующие испытания предоставленных заявителем образцов ГМО и исходного организма-реципиента:
а) проверка (валидация) методики идентификации ГМО, в том числе оценка чувствительности и специфичности данной методики в соответствии с критериями эффективности, указанными в таблице N 1 приложения к настоящей Методике;
б) подтверждение присутствия (отсутствия) заявленной генетической модификации в геноме ГМО;
в) подтверждение присутствия (отсутствия) маркерных и селективных генов в геноме ГМО, указанных в таблице N 2 приложения к настоящей Методике;
г) полногеномное секвенирование ГМО, который содержится в продукции в жизнеспособном виде (в случае непредставления заявителем ГМО данных полногеномного секвенирования ГМО, представляющего собой плазмиду, вирус (бактериофаг), бактерию или одноклеточное простейшее, животное, гриб), проведенного с использованием методики полногеномного секвенирования, соответствующей критериям эффективности, указанным в таблице N 3 приложения к настоящей Методике.
5. Полногеномное секвенирование ГМО проводится с использованием методики полногеномного секвенирования, соответствующей критериям эффективности, указанным в таблице N 3 приложения к настоящей Методике.
6. Результаты исследования оформляются заключением о результатах исследования, составляемым на основании протоколов испытаний, которое должно содержать:
наименование заключения;
полное наименование и место нахождения организации (испытательной лаборатории), осуществившей проведение исследования;
наименование ГМО с указанием его таксономического статуса;
полное наименование, место нахождения, идентификационный номер налогоплательщика (ИНН) заявителя;
полное наименование и место нахождения юридического лица либо фамилия, имя, отчество (при наличии), место жительства индивидуального предпринимателя - изготовителя образцов ГМО;
вид предполагаемого целевого использования ГМО;
место депонирования и коллекционный номер (указывается для депонированных штаммов ГМО);
сведения о трансформационном событии в виде кода, сформированного согласно Общероссийскому классификатору трансформационных событий;
регистрационный номер свидетельства о государственной регистрации ГМО, предназначенного (предназначенных) для выпуска в окружающую среду, на основе которого (которых) создан ГМО, в отношении которого проведено исследование (в случае если ГМО создан на основе иного (иных) ГМО);
регистрационный номер свидетельства о государственной регистрации ГМО для иного целевого использования (при наличии);
сведения о регистрации ГМО за рубежом (при наличии);
оценку полноты представленных заявителем документов и данных;
краткое содержание представленных заявителем документов и данных;
описание представленных заявителем образцов ГМО и исходного организма-реципиента с указанием их количества, а также оценку их пригодности для проведения исследования;
выводы о результатах исследования: о молекулярно-генетической структуре ГМО, об отсутствии или наличии не заявленных генетических конструкций, об эффективности метода идентификации ГМО, сведения о соответствии генетической модификации природным (естественным) процессам;
фамилии, имена, отчества (при наличии), должности, места работы, ученые степени (при наличии) лиц, проводивших исследование;
дату и номер заключения;
подпись руководителя организации (испытательной лаборатории), осуществившей проведение исследования.
7. К заключению о результатах исследования должны прилагаться протоколы испытаний, на основании которых оно составлено, подписанные лицами, проводившими испытания.
8. В случае если заявителем не представлены документы и данные, предусмотренные настоящей Методикой, и (или) образцы ГМО и исходного организма-реципиента, пригодные для проведения исследований, в количестве, необходимом для проведения исследований, исследование не проводится. Заявителю должен быть выдан мотивированный отказ в проведении исследования, подписанный руководителем организации (испытательной лаборатории), аккредитованной в национальной системе аккредитации, с областью аккредитации, соответствующей исследованиям, указанным в настоящей Методике, в которую обратился заявитель для проведения исследования.
Приложение
к Методике производства
молекулярно-генетического исследования
генно-инженерно-модифицированных
организмов, используемых
для производства лекарственных
средств для ветеринарного применения
Таблица N 1. Критерии эффективности методики идентификации ГМО
N п/п
|
Характеристика
|
Описание характеристики
|
Критерий
|
Методы оценки критерия
|
1
|
Специфичность ПЦР
|
Способность ПЦР-тест-системы выявлять только целевую нуклеиновую кислоту (далее - НК)
|
ПЦР-тест-система должна выявлять целевую НК. ПЦР-тест-система не должна давать ложноположительных результатов, в том числе выявлять НК близкородственных и неродственных биологических видов, в 100% проводимых исследований
|
Для оценки специфичности используют контрольные панели образцов. В состав панели входят образцы, содержащие целевую НК и не содержащие целевую НК
|
2
|
Чувствительность ПЦР
|
Наименьшее содержание копий целевой НК, которое может быть определено с использованием данной ПЦР-методики, в первую очередь зависит от свойств используемых праймеров и зондов
|
Чувствительность должна быть не ниже 100 копий целевой НК, например, плазмидной, в одной ПЦР
|
Проводят исследования ряда десятикратных разведений целевой плазмидной НК с известной концентрацией в двух повторах каждое. Определяют максимальное разведение, при котором НК воспроизводимо выявляется (в двух повторах)
|
3
|
Эффективность ПЦР
|
Характеризует прирост матрицы на каждом цикле амплификации
|
Эффективность ПЦР должна быть не ниже 90%. Это соответствует значению наклона линейной области зависимости Ct от логарифма концентрации ДНК матрицы (slope): не ниже 3,6 (приемлем диапазон slope 3,1 - 3,6)
|
Для оценки эффективности ПЦР проводят амплификацию с рядом десятикратных разведений целевой плазмидной НК (пункт 2 настоящей таблицы) в двух повторах каждое. Строят график зависимости Ct от логарифма концентрации НК матрицы. Определяют наклон линейной области (slope). Эффективность ПЦР оценивают по уравнению:
E = [10(-1/slope)] - 1
В идеальном случае - при удвоении количества ПЦР продукта за один цикл:
E = 100%, (slope = -3,32)
|
4
|
Предел обнаружения ПЦР-тест-системы (LOD)
|
Отражает минимальное количество биологического искомого объекта в исследуемом образце, которое может достоверно обнаружить данный метод
|
Чем меньше искомого биологического объекта способен выявить метод, тем выше его чувствительность. Определяется экспериментально, но должен составлять не более 0,1%
|
Готовят ряд модельных образцов с разным содержанием целевой матрицы. Готовят образцы целевого ГМО-ингредиента (от 5% до 0,001% содержания) в соответствующей матрице. Исследуют приготовленную панель с использованием ПЦР-методики. Определяют минимальное содержание ГМО-ингредиента в тотальной НК организма, при котором ГМО воспроизводимо выявляется (в десяти повторах)
|
5
|
Предел количественного определения (LOQ)
|
Наименьшее количество (концентрация) вещества в образце, которое может быть оценено с использованием методики с требуемой правильностью и внутрилабораторной прецизионностью
|
Для методик ГМО предел должен быть не более 0,1%. На пределе чувствительности относительное стандартное отклонение (RSD) для методик ГМО не должно превышать 20%. Истинное значение измеряемой величины должно входить в полученный при измерениях доверительный интервал
|
Исследуют 10 повторов 0,1% ГМО-стандарта по ПЦР-методике. Рассчитывают среднее значение содержания ГМО в образце и относительное стандартное отклонение (RSD). Сравнивают рассчитанное стандартное отклонение (RSD) с критерием 20%. Также оценивают, входит ли истинное значение в доверительный интервал полученного среднего значения
|
6
|
Аналитическая область (dynamic range)
|
Интервал определяемых аналитических характеристик, в котором получаемые результаты имеют приемлемый уровень правильности и прецизионности. Для ГМО-методик обычно приемлем диапазон 0,1% - 5%
|
Диапазон 0,1% - 5% ГМО экспериментальных данных, должен удовлетворять линейной модели (пункт 7 настоящей таблицы)
|
Проводят исследования образцов с различным содержанием ГМО. Оценивают линейность зависимости аналитического сигнала
|
7
|
Линейность
|
Наличие линейной зависимости аналитического сигнала в анализируемой пробе в пределах аналитической области методики. Оценивается как R2 - коэффициент корреляции, определяющий верность модели линейной зависимости Ct от логарифма концентрации калибровочных образцов
|
R2 - коэффициент для калибровочных образцов должен быть не менее 0,98%
|
Исследуют в двух повторах 0,1%, 1,0% и 5,0% калибровочные ГМО-стандарты по ПЦР-методике. Строят калибровочную прямую (dCt от lgC), оценивают коэффициент корреляции данных с линейной зависимостью (R2)
|
8
|
Правильность
|
Правильность методики характеризуется отклонением среднего результата определений, выполненных с ее использованием, от значения, принимаемого за истинное
|
Методика дает корректные результаты, если значения, принимаемые за истинные, лежат внутри доверительных интервалов соответствующих средних результатов анализов, полученных экспериментально по данной методике
|
Готовят образцы из калибровочных стандартов 0,1%, 1,0% и 5,0% с добавлением матриц различного происхождения (для этого смешивают стандарты с другими ингредиентами, сухим молоком, мясным фаршем, рыбной мукой). Исследуют образцы по ПЦР-методике в двух повторах. Оценивают, входит ли истинное значение в диапазон погрешности полученного среднего значения для каждого образца
|
При использовании методики, основанной на ПЦР, исследование включает последовательные процессы: подготовку проб, выделение нуклеиновых кислот из образцов, амплификацию заданных фрагментов нуклеиновых кислот, детекцию продуктов амплификации, анализ и интерпретацию результатов.
Таблица N 2. Основные маркерные
и селективные гены, являющиеся составляющими частями
генно-инженерных конструкций
Мишень
|
Описание
|
Ген LacZ
|
Кодирует фермент b-галактозидазу. Используется в векторных плазмидных конструкциях (pCR2.1 TOPO, pVIK112, pBSKSII и других), включает область полилинкера для клонирования рекомбинантных генов. При наличии данного фермента бесцветный субстрат X-gal превращается в окрашенный продукт, бактериальные колонии, экспрессирующие LacZ, имеют голубой цвет
|
Ген gfp
|
Ген зеленого флуоресцентного белка используется в ряде векторных плазмид для генно-инженерных манипуляций (pKEN-gfpmut2, pRK415-gfp) в качестве светящейся метки
|
Ген amp
|
Кодирует устойчивость к ампициллину, используется в ряде векторных плазмид для селекции по антибиотикоустойчивости (pBR322, pUC18, pBSKSII, pET, pCR2.1 TOPO)
|
Ген Km
|
Кодирует устойчивость к канамицину, используется в ряде векторных плазмид для селекции по антибиотикоустойчивости (pVIK112, pMC212)
|
Ген tetO
|
Кодирует устойчивость к тетрациклину, используется в ряде векторных плазмид для селекции по антибиотикоустойчивости (pBR322)
|
F1 ori
|
Ориджин репликации плазмид (pBSKSII, pKEN-gfpmut2, pCR2.1 TOPO)
|
Транспозон Tn7L
|
Фрагмент обеспечивает транспозицию рекомбинантных генов из плазмид в геном (pRK415-gfp)
|
Ген ermC
|
Кодирует устойчивость к эритромицину, плазмидные векторы
|
Ген cat
|
Кодирует устойчивость к хлорамфениколу, плазмидные векторы
|
R6K ori
|
Ориджин репликации плазмид (pVIK112)
|
Таблица N 3. Критерии эффективности методики
полногеномного секвенирования
Этап анализа
|
Характеристика
|
Описание характеристики
|
Критерий
|
Подготовка библиотеки для секвенирования
|
Концентрация геномной ДНК
|
Не менее 0,2 нг/мкл
|
|
Размер фрагментов ДНК
|
Распределение фрагментов по длинам, устанавливается электрофоретически
|
Распределение в диапазоне 250 - 1000 п.н.
Максимум распределения 300 - 500 п.н.
|
|
Проведение массового параллельного секвенирования
|
Распределение качества идентификации нуклеотидов
|
Q = -10log10p, где
p - вероятность неправильного определения нуклеотида
|
Q > 20, то есть вероятность ошибки не более 0,01
|
Среднее качество прочтения
|
Q > 25
|
||
Служебные последовательности
|
Наличие служебных последовательностей (адаптеров, индексов) в прочтении
|
Должны отсутствовать
|
|
Покрытие чтения
|
Число чтений, содержащих определенный нуклеотид последовательности генома
|
Не менее десятикратного покрытия
|
|
Представленность нуклеотидов в каждом цикле
|
Максимальное отклонение между A и T или G и C
|
Не более 20% в любой позиции
|
|
GC-состав на прочтение
|
Сумма отклонений от ожидаемого распределения
|
Не более 30% прочтений
|